重庆医药工业曾经是全国五大医药工业基地之一，目前重庆医药行业已发展为拥有规模以上医药工业企业78家；资产总额189.29亿元；从业人员2.25万人。

2006年全市规模以上医药工业主营业务收入73.27亿元，实现利润4.35亿元，主营业务收入在全国排名19位，在西部地区排3位；利润总额在全国排名23位，在西部地区排6位。

全市医药工业产品涉及化学药品原料、化学药品制剂、中药饮片、中成药、生物与生化制药、兽用药品、卫生材料及医药用品、制药专用设备、医疗仪器设备及器械制造等。经过几十年的建设和发展，已成为全国医药工业生产基地及我市工业经济的支柱产业之一，已形成了以重点骨干企业为龙头的较为完善的药品生产流通体系。